1971年5月16日，西藏自治區黨的核心領導小組發出“關于恢復西藏民族學院若干問題紀要”，決定正式恢復以前撤消的西藏民族學院，并決定將校址從陜西遷回西藏。同年7月，西藏民族學院黨委成立了“西藏民院遷址籌建處”。9月，在西藏林芝縣八一新村選定校址。

1972年5月3日，西藏自治區革命委員會批準了“西藏民院總體規劃”。規劃規定了學院總體規模為：在校生1500人，教職工500人，基建面積37500平方米，總投資800萬元，逐年投資，滾動發展，三年時間基本建成。學校暫設預科、政治、藏文、農學、畜牧獸醫、衛生、財會、機電八個專業，并建設為教學服務的機電、化肥、制藥、木工、鐵工、農場、牧場、衛生所、獸醫門診九個附屬機構。1973年5月，校舍房建工程正式開工。1974年12月3日，西藏自治區黨委決定西藏民院繼續在陜西咸陽辦學，西藏林芝籌建處改為“西藏民院林芝分院”，屬地級事業建制，并于當月任命組建了分院黨委。分院黨委在“邊遷校、邊建設、邊辦學”的思想指導下，制定了“根據西藏建設需要，在生產實踐中培養人才”的辦學方向。同年，由西藏民院總院遷來了首批學生：農學65人，牧醫61人，并在全藏首次招收畜牧專業30人，果林專業39人，商業會計專業17人，工業會計專業23人，工商會計大專班25人，藏族干部文化補習生22人。到年底，在校生達282人。1975年，又從陜西轉入技工專業班一個40人，農業會計大專班一個14人、商業會計大專班一個30人，會計班一個14人。至此，計劃搬遷的西藏民族學院有關專業轉移完畢。

1978年校舍第一期工程建成，建筑面積31440．79平方米，其中教室3098平方米，實驗室774平方米，圖書館774平方米，辦公室1410平方米，家畜門診所684平方米，學生宿舍5919.6平方米，教職工宿舍6261平方米，溫室1190平方米，附屬小學456平方米，以及大禮堂、衛生所、托兒所等。當時共有在校生524人，其中藏族及少數民族學生占總數的77%。教職工420人，其中教師120人。設有農學、畜牧獸醫、林學、農機水電、財會5個系、9個專業及化學、物理、生物、金屬材料四個實驗室。圖書館藏書5萬冊。

經過籌建者幾年的艱苦奮斗，盡管在師資、設備、校舍等方面還存在一些亟待解決的問題，但畢竟在尼洋河畔的一片亂石灘上，建成了一所初具規模的高等院校。在這一時期，籌建者們以艱苦創業，自力更生，不怕苦、不怕累的精神，在黃沙漫卷、滿目蒼涼的沙石灘上建校址，干校園，造菜地，開果園，筑圍墻，搞綠化。他們邊生產、邊建設，邊傳授科學文化知識。這種無私奉獻的“籌建精神”為學院以后的發展留下了一筆寶貴的精神財富。

1978年4月27日，經國務院批準，西藏民族學院林芝分院正式更名為“西藏農牧學院”。9月4日，學院隆重召開成立大會。從此，西藏第一所，也是迄今為止唯一的一所高等理工學院在西藏正式誕生。

黨的十一屆三中全會以后，學院堅持“教育必須為社會主義服務，社會主義建設必須依靠教育”的指導思想，繼續發揚籌建精神，進一步綠化、美化校園，加大教學基礎設施建設力度。1979年，學院自己動手設計施工建造了教學實習水電站。1985年，建立了高原生態研究所和3569平方米的教學實驗大樓，購進各種大中型教學儀器、設備5000多臺，裝備了33個實驗室。1988年建成一座面積4000平方米的圖書館。1991年，原國家農牧漁業部投資修建的干部培訓中心落成。隨后，農牧學院又先后建起了電教中心，擴建、完善了原來粗糙簡陋的工廠、農場、牧場，果園、苗圃等，使教學、科研條件大為改觀。黨的十一屆三中全會以后，經過一段時間的撥亂反正，學院工作重心集中到了教學方面。1985年，學院根據西藏經濟發展的特點，結合學生實際，確定了“多層次、多規格、多種形式”和“教學、科研、生產相結合”的辦學方向，重新調整了專業設置，將農機水電系改為水電系，撤消財會系，將預科部改為基礎教育部。1984年，中央召開第二次西藏工作座談會，確定國家農牧漁業部、林業部、水利電力部和西北農業大學、甘肅農業大學、南京林業大學、武漢水利電力學院對口援助西藏農牧學院辦學。同時，學院在加大以教學為中心的基礎上，科研工作被提上了重要議事日程，學校整個工作逐步走上正常發展軌道。

回顧多年來的辦學歷程，學院師生深深體會到，要辦好西藏農牧學院，就必須正確認識西藏實際，有一個正確的辦學思想：要為西藏經濟建設培養更多的建設人才，就必須走多層次、多規格、多種形式辦學的路子；要使教育主動適應社會主義現代經濟發展的需要，就必須堅持教學、科研、社會實踐三結合的方向。

在這一階段，學院不失時機地抓住了一次難得的機遇，這就是中央第三次西藏工作座談會為西藏保持穩定和加快發展確定了根本指針，并全面加大了支援西藏的力度。借這一強勁的東風，學院從農業部、水利部、原林業部引進了一批高學歷、高職稱、高水平的專業干部到農牧學院工作，為學院改革、建設和發展帶來了新的生機和活力。自治區黨委、政府和有關廳局領導多次到農牧學院檢查指導工作，為學院的改革、發展領了航，正了舵。農業部、水利部、原國家教委、原林業部和各兄弟院校加大了對農牧學院的關注和支持。農牧學院《“九五”計劃及2010年改革發展規劃》及時出臺，激勵了全院教職員工克服困難、奮發向上的精神。從此，西藏農牧學院開始步入改革、建設和發展的快車道。

為加快西藏農、牧、林、水、電科教事業的發展，實施“科教興藏”、“科教興農”的戰略，農牧學院黨委及時根據江澤民總書記關于“教育要全面適應現代化建設對各類人才培養的需要，教育要全面提高辦學質量和效益”的指示精神，針對學院現狀，帶領全院師生員工回顧過去，展望未來，對農牧學院的發展進行了重新定位，明確指出：西藏農牧學院是集農牧林水電于一身的理工院校，一個“西藏”，一個“農牧”，一個“學院”，這就決定了：第一、農牧學院必須面向西藏這個特定的環境，把教育與大農業這兩個戰略重點結合好，培養出西藏大農業所需要的建設者和接班人；第二，必須堅持面向西藏農業，面向西藏農牧區，面向西藏農牧民，堅持為西藏的農業現代化服務；第三，既是學院，就要堅持教學、科研、社會服務三大功能。定位決定了擺位，決定了農牧學院今后的工作思路。即：“1234工程”--堅持服務“三農”（農牧林區、農牧林業、農牧民）；強化教學與科研兩個重點；處理好改革、發展與穩定三個關系；加強領導班子、師資隊伍、管理、德育四個系統建設。這一工作思路，得到了自治區領導和國家農業部、林業部、水利部的贊同和支持。與此同時，農牧學院黨委又向全院師生員工發出了“發揚籌建精神，再創新的業績”的號召，帶領全院師生員工大刀闊斧而又深入細致地開展各項改革工作，取得了顯著的成績。

在宏觀辦學機制上形成了具有自身特色的四大系統工程。即“完善教學、科研、生產相結合的教學模式；建立了把德育放在首位的高起點、低重心、重實效的學生思想政治工作體系：拓展了‘外引內聯’這一富校強校的路子；進一步加強了組織建設工作。

在師資隊伍建設上，農牧學院充分利用內地兄弟院校大力支援的機遇，通過援藏教師的傳、幫、帶和“進出去，請進來”，以及鼓勵在職自修等措施，大大提高了教師，特別是民族教師的整體素質，使師資結構進一步趨于合理。在教學工作上，學院師生逐步樹立了改革發展現，大農業觀，新農牧區觀，復合型人才培養觀等現代教育思想和教學理念。為能主動適應西藏經濟和社會發展需要，學院按照“強基、改老、拓寬、創新”的思路，調整優化了專業結構，將已有的專業拓寬到11個本科專業、23個專科專業，優化了課程結構，完善了教學管理制度，建立了教學過程管理、質量監控體系，并開始了“從以教為中心到以學為中心”、“從知識傳授轉變為知識的運用和創新”的教學探索。實踐教學和素質教育作為新一輪教改重點已經起步。

在科研工作上，通過建章立制，規范管理，轉變觀念，調整科研方向，明確教學、科研、生產的關系，增強科研對生產的服務功能，以及科研對生產、教學的促進作用的認識，統一了全院教職工的思想。農牧學院的科研工作已經從“自發、封閉型”向“主動、開放型”轉變；從“單兵作戰”向“合理組配、群體攻關”轉變：從“單純為科研而搞科研”向“面向農牧林經濟發展找課題，搞科研”轉變。

在開門辦學的實踐中，國家各部委和內地兄弟院校成為農牧學院深化改革的堅強后盾，為學院提供了強有力的經濟、政策、人才的支持。學院與西藏金珠集團、廣東省科委等企業、科研部門的合作，與拉薩市、山南地區、日喀則地區以及林芝地區部分縣的聯合辦學，增強了農牧學院的辦學活力和為社會經濟服務的能力。總之，“機遇+實干+精神”是農牧學院這一時期最突出的特點。也因此，學院各項工作取得了突飛猛進的發展。從 1995年至今，學院在教學、科研管理、思想政治工作、環境建設等方面共獲各項獎勵40多項，其中國家級7項，自治區級34項；教師發表在各類期刊上的論文150余篇，獲獎23篇；出版著作、科普讀物、鄉土教材20余種，成為建校以來獲獎級別最高、獲獎數量最多、綜合效益最好的時期。事實證明，摒棄“等、靠、要”思想，發揚籌建精神，走內涵發展道路，凝聚人心、振奮精神是學院加快改革發展的戰斗力所在。

從卵石遍布、雜草叢生的沼澤地到如今環境幽雅、設施基本齊全、效益明顯的高等學府，這其中滲透著一代又一代農牧學院人自力更生、辛勤創業的汗水，傾注了各級領導、社會同仁、廣大校友的心血和關懷。西藏農牧學院近30年的辦學經驗可概括為“堅持方向、育人為本，三足鼎立，負重自強”。西藏農牧學院的開創和發展離不開黨的領導，上級的支持和兄弟院校的援助。世紀之交，任重道遠。在跨世紀的關鍵時刻，在眾多的挑戰和機遇面前，農牧學院師生員工充滿了必勝的信心，決心在黨中央、國務院以及自治區黨委、人民政府領導下，繼續堅持“科教興農，育人為本，三足鼎立，林業部祝光耀副部長來我院調研工作負重自強”的精神，深化改革，迎接挑戰，全面提高教育水平和辦學效益，把一個充滿生機和活力的西藏農牧學院帶入二十一世紀。